Приложения в фоне не работают. Как минимум, все сокеты и сетевые коннекты в приложениях летят к чертям, если уйдёшь на рабочий стол или куда-нибудь переключишься. Есть несколько системных агентов для фоновой загрузки, сетевых коннектов и т. д. - их и вызывают разрабы, имитируя фоновую работу приложений. А через 1-5 минут приложение вырубает полностью, но оно всё ещё висит в диспетчере. При переключении на вырубленное приложение оно запускается заново и восстанавливает состояние, которое было перед вырубанием.
О чём это я - о том, что даже системный IE особых прерогатив не имеет и JS в фоне исполнять чисто технически не может.