Не самое элегантное решение, но... Для начала не нажимайте на кнопку установки, предлагаемую редактором. Если установить пакеты "глобально", не в локальное виртуальное окружение, то vs code должен будет подцепить их.
Т.е. нужно, не заходя ни в какое виртуальное окружение, через терминал установить необходимые пакеты (pip install pep8 pylint)

UPD: Просто добавить глобально пакеты недостаточно, нужно еще интерпретатору виртуального окружения дать знать, что мы хотим использовать их (глобальные пакеты). Этого можно добиться либо аргументом --system-site-packages, при установке вирт.окружения, либо в файле pyvenv.cfg задать параметру include-system-site-packages значение true