Он не думает, он работает. Чтобы наблюдать прогресс, нужно выводить otchet не только в файл, но и в консоль.
Перед каждой строчкой:
otchot.write(theurl+": ok\n")
Можно дописать еще:
print(theurl+": ok\n")
И с остальными ошибками также.
А перед запросом
result = pars_header('http://'+theurl)
Можно добавить
print(theurl+": processing ...")
Чтобы видеть то, над чем он работает в данный момент.
