Decadal

Есть несколько способов. Из дешёвых - cron на секунду, который каждую секунду запускает скрипт и проверяет лоты. У такого варианта есть ограничения - он должен отрабатывать очень быстро.
Можно обойтись timestamp-ами в базе и раз в некоторое время выбирать все истекшие лоты за последний неотработанный отрезок времени, ограничив также какое-либо взаимодействие с истекшими лотами в остальных частях системы.

MVC это про идею, не про реализацию.
Вы можете реализовать через глобальный контейнер, если приложение не предполагается развивать и поддерживать большой командой. Можете упороться и сделать гибкую, продуманную конфигурацию оркестрации контроллерами, моделями и вьюхами и получить свой вариант Симфони. Техническая правильность решений уступает целесообразности их реализации.

$props = json_decode($result['properties'], true);
echo $props['userdata']['phone'];

Код, который составлен на php, работает полностью корректно.
Некорректно отображение вывода.
Вам нужно разделять каждый вывод строки HTML разметкой, чтобы был визуальный эффект
К примеру:

// здесь завершается php
?>
<table>
<?php 
while($row = mysqli_fetch_assoc($res)) : 
?>
<tr><td>
<?= $row['headline'];?>
</td></tr>
<?php endwhile;?>
</table>

Тоже через команды MySQL

есть агрегирующая функция COUNT в sql.
select COUNT (1) from completed_tasks ct WHERE ct.user_id= "конкретный айди пользователя"
если нужно считать по каждому пользователю, то есть способы сгруппировать записи по идентификатору пользователя, например GROUP BY ct.user_id
Если вы уже взялись за базы данных и PHP то знайте, что задачи статистики, группировки и всего такого - почти всегда лежит на базах данных и серверных языках.

if(!$node['parent']) {
      $tree[$id] = &$node;
    }

если у текущего элемента нет предка, значит, вы помещаете текущий элемент в $tree по ссылке. То есть, изменение этого элемента в $tree повлияет на $dataset и наоборот, изменив этот элемент в dataset вы измените tree.
рекомендую заменить первую строку в фрагменте кода, который я выделил, на if(!isset($node['parent'])) {
далее:
$dataset[$node['parent']]['childs'][$id] = &$node;

если предок есть (то есть, это не рутовый элемент), вы добавляете в изначальный dataset информацию о том, что у его элемента, идентификатор которого равен предку текущего элемента, есть child, и заносите туда текущий элемент. Поскольку перед этим вы сохранили в tree элемент node по ссылке, то эта операция также изменит и структуру переменной tree.
Обратите внимание, что, убрав & из выделенного фрагмента, вы получите тот же результат, что и с ним.

Есть понятие Primary Email - это контактная информация, куда направляются все запросы (по смене пароля, уведомления и тд). При вашей архитектуре email в users является таким Primary Email, а в networks - список secondary emails. Не самое красивое решение в итоге, но у вас есть следующие варианты:
1) стянуть связанные соц сети и выбрать какой-нибудь email оттуда

$networks = $this->networkRepository->findBy(['clientId' => $command->clientId]);
foreach ($networks as $net) 
{
// здесь логика по которой вы решаете какой именно secondary email делать primary. 
// если решения нет (например нет ни одного акка с email), выбивать ту же ошибку что и при count === 1
}
// решение есть, значит получен некий email

//задаете новый primary, желательно перед этим проверить что нет юзера с таким праймари
$user->setEmail($email);

2) предложить пользователю самостоятельно выбирать Primary Email в случае если он пытается отвязать аккаунт

Сентри. Ставьте сентри, это как логи, только с удобными обертками.
https://sentry.io

"если анонимные функции в yii2 указывают в конфигах, значит их кто-то вызывает"

Создаете свой Grid - тогда создавайте и обработчик, который будет вызывать ключ tableName, предполагая, что он может быть Callable.

но мой вам совет - просто оставьте это строкой и делайте tableName => UserRecord::tableName()

Работа с сессиями и заголовками происходит в контроллерах или вспомогательных классах, которые контроллер использует.
Почему - потому что сессии и заголовки это вопрос к тому, как обрабатывать запрос от пользователя, а контроллеры именно этим и занимаются. Чтобы легче понять, почему так, представляйте, что контроллеры работают не только с HTTP запросом, но также могут использоваться для обработки консольных команд, где ваши заголовки и сессии вообще не нужны. Будет много проблем, если вы внедрите работу с сессией в слой моделей, на том уровне, где не сможете легко и просто (и без костылей) понять, была ли это консольная команда или запрос из браузера.

Важно: не пытайтесь увидеть в каждом классе модель, вьюху или контроллер. MVC рассказывает нам о слоях, а не о конкретных классах.
MVC описывает основу приложения, но не каждый его элемент.

Исправлять?

Parse error: syntax error, unexpected end of file, expecting ',' or ';' in

тут написано, чего не хватает для счастья

C:\Users\user\Desktop\HTML\OSPanel\domains\test.ru\index.php on line 11

тут написано, где этого не хватает

Если вы будете каждую ошибку у Тостера спрашивать, не научитесь писать код.

echo $e ['name']

вероятно в этой строке в конце не хватает точки с запятой.

Нет, таким образом каким вы описали - нет. Идентификация происходит через cookies, а они в свою очередь привязываются к конкретному домену.
Прописал в своем скрипте - получил куку на своем сервере - молодец, но там ничего нет.

$str = file_get_contents("На моем сервере есть XML файл.xml"); 
// и погнало 
if (preg_match_all('~<Category>.+?</Category>~s', $str, $categories)) {
//...