с точки зрения надежности — да, лучше внешний аппаратный рейд-контроллер от какого-нибудь известного вендора. но брать лучше пару — чтобы если один умрет можно было оперативно поднять массив а не ждать пока приедет замена. Программныый в этом плане гибче — винты всегда можно поставить в другую машину и собрать его там.
с точки зрения производительности — разница как правило незаметна — современные процессоры довольно шустро считают.
еще один довод в пользу аппаратного — если один из винтов помирает, то на аппаратном он как правило спокойно вышибается из массива. с программным же возможны варианты — у меня были случаи когда один винт со сгоревшей электроникой вводил ядро в такую задумчивость, что приходилось тушить машинку. т.е. с горячей заменой на аппаратном все гораздо лучше (если контроллер поддерживает и корзины есть)
