DanJudex

Вы на Nginx'е, получается, TLS-терминацию делаете, а GitLab при этом у Вас тоже пытается слушать по HTTPS. Вам нужно сказать GitLab'у, чтобы слушал обычный HTTP, и что он позади reverse proxy. И обращаться к нему не по unix-сокету Workhorse (именно на это у Вас ругается Nginx), а напрямую на нужный порт.

Что-то вроде этого:

external_url 'https://gitlab.mydomain.com'
nginx['listen_port'] = 80
nginx['listen_https'] = false
nginx['proxy_set_headers'] = {
  "Host" => "$http_host_with_default",
  "X-Real-IP" => "$remote_addr",
  "X-Forwarded-For" => "$proxy_add_x_forwarded_for",
  "X-Forwarded-Proto" => "https",
  "X-Forwarded-Ssl" => "on",
  "Upgrade" => "$http_upgrade",
  "Connection" => "$connection_upgrade"
}

ports:
    - '8080:80'
    - '2022:22'

proxy_pass http://gitlab:8080;

Но конкретно в данной ситуации не совсем понятно, зачем Вам нужен ещё один фронтовый Nginx рядом. Вы ведь можете просто потюнить на предмет сертификатов/шифров тот Nginx, который уже идёт внутри omnibus образа.

Как сказал Nikita Velko там убирается скрол и ставиться паддинг, что изменяет ширину блока body, а для меню (блок с классом .menuFix) у вас стоит ширина в процентах, значит тоже изменяется. Лутшим решением будет поставить этому меню не 100% ширину а 100vw тоисть

.menuFix {
    width: 100vw;
}

правда не уверен на счет кроссбраузерности

Все намного проще: в Lion были переделаны рабочие и столы и система научилась их переставлять в зависимости от частоты использования, эта опция включена по-умолчанию, но еще можно отключить: System Preferences -> Mission Contol -> [ ] Automatically rearrange spaces based on most recent use, тогда столы всегда будут в том порядке — как вы их выстроили.