Много уже сказали, и про Evernote тоже. Лично я использую схему desktop Evernote + Chrome Evernote Clipper + Evernote for Android + Evernote Clipper for Android.
Пробовал много способов (кладбище файлов на диске, календарь на телефоне, приложения для записей, Springpad ... ). Но в итоге, всё это погибало и терялось в памяти. В итоге перешел на Evernote и доволен. Для управлением блокнотами и структурой десктопное приложение, пожалуй, для меня удобнее всего. Evernote Clipper не так давно обновился и делает своё дело очень достойно. Тут главное правильно построить внутреннюю архитектуру блокнотов и групп для быстрого поиска.
Для мыслей я создаю отдельный блокнот для каждой темы отдельно, также есть один общий блокнот для мыслей по реализации чего либо. Когда мысли приходят в дороге, то записываю их в новую заметку в телефоне. Можно не волноваться о ней дальше, Evernote, при появлении интернета, всё правильно синхронизирует и сохранит её в облако.
В последнее время подумываю купить бумажный блокнот для записи ежедневных планов. Смотрю в сторону Moleskin, чтобы легче было перенести в тот же Evernote.
