Сразу скажу: не слишком доверяйте моему ответу. Я тоже - не программист и только изучаю libgdx.
Итак. По порядку:
Как сделано у меня... Есть класс InputHandler, реализующий интерфейс InputProcessor. В начале игры я создаю его экземпляр и передаю в Gdx.input.setInputProcessor. Причём, в моём случае, метод touchDown при клике вызывается один раз, не важно, насколько нажатие было "долгим". У вас, как я понял, если кнопка нажата, метод вызывается каждую итерацию игрового цикла. Как если бы вы написали где-то в середине этого цикла что-то вроде "if (Gdx.input.isButtonPressed(Input.Buttons.LEFT)) a++;" (кстати, если заменить этот метод на Gdx.input.justTouched(), всё будет как надо и без процессора).