Разобрался, вот решение кому понадобиться:
Нужно передать тестовый репозиторий в конструктор сервиса, где объявлена данная функция.

describe('Users Service Test /services/users.service.ts', () => {
    let usersService: UsersService;
    let smsCodesRepository: Repository<SmsCodes>;
    let testingModule: TestingModule;

    const testConnectionName = 'testConnection';

    beforeEach(async () => {
        testingModule = await Test.createTestingModule({
            providers: [
                UsersService,
                {
                    provide: getRepositoryToken(SmsCodes),
                    useClass: Repository,
                },
            ],
        }).compile();

        let connection = await createConnection({
            type: "postgres",
            database: "baseTest",
            dropSchema: true,
            entities: [SmsCodes],
            synchronize: true,
            name: testConnectionName
        });

        smsCodesRepository = getRepository(SmsCodes, testConnectionName);
        usersService = new UsersService(userRepository, smsCodesRepository);

        return connection;
    });

    afterEach(async () => {
        await getConnection(testConnectionName).close()
    });

    describe('checkCorrectSmsCode', () => {
        it('Возврат: true при правильном коде SMS', async () => {
            const mockEmail = 'test@email.com'
            const mockCode = 1234;
            await smsCodesRepository.insert({
                email: mockEmail,
                code: mockCode,
            });
            const checkCorrectSms = await usersService.checkCorrectSmsCode(mockEmail, mockCode);
            expect(checkCorrectSms).toBe(true);
        })
    })
});

Как быстрый вариант решения, добавляйте номер парсинга, пример:
index.php?number=1
следующий будет index.php?number=2
Тогда кэшироваться не будет. Но это такое себе решение, но рабочее.