Вообще есть два слуха на эту тему:
1. IDEA, насколько я понимаю, деплоить только измененные фрагменты проекта. Какие именно и при каких условиях не скажу, недавно пересел на JEE.
2. Говорят, что можно создать раздел в памяти для машины разрботчика.
Проблема была решена. В KeePassX 0.4.3 похоже есть баг: если ввести в поле Title записи знаки точки или обратного апострафа, то на ubuntu 10.04.1 x64 работать именно эта запись не будет.