Вам нужен свой УЦ?
То это большой геморой.
Или просто сделать взаимодействие КЭП с порталом?
Для того чтобы клиенты подписывали документы. И прочая работа с ЭП через портал.
То вам нужно смотреть в сторону продуктов КриптоПро
www.cryptopro.ru/products/cades/plugin
Я чаще его вижу в работе.
Есть еще виндовский capicom, но там 2 минуса, работает только в IE и мало функционально.
Если нужны сертификаты для работы, то это обращаться в местный УЦ. Казначейство на сколько знаю, не выдает КЭП.