С таким сумбурным, скомканным и непоследовательным повествованием Вы, к сожалению, долго будете дожидаться ответов.
Mikrotik packet flow - рекомендую читать до посинения.
Если какие-либо интерфейсы в бриджах, то поведение микротика не всегда "очевидно". Читайте ссылку.
По вопросу 3 - Почитайте о том, что такое вообще TCP/IP. Тогда все встанет на свои места.