1) На уровне PHP нет.
2) Вносят неудобство в работу. На производительность в принципе не влияют.
3) Да. Но смысла не имеют, см. п.1.
4) Лучше использовать механизмы предоставляемые ОС. Банально корректно права на файлы расставить, использовать php-fpm и запуск от заданного юзера и прочее.