Там в стандартном конфиге ни чего не надо трогать, ищите файлы в папке sites-* там стандартный конфиг, берите его как рыбу, чтоб заработал php надо просто разкоментить одну секцию
https://git-scm.com/docs/gitattributes/2.19.2
Создайте файлик в корне репа, .gitattributesполезно будет прописать так же и переносы строк, а то получится так, что файлы в репе в одну строку