Там в стандартном конфиге ни чего не надо трогать, ищите файлы в папке sites-* там стандартный конфиг, берите его как рыбу, чтоб заработал php надо просто разкоментить одну секцию
https://git-scm.com/docs/gitattributes/2.19.2
Создайте файлик в корне репа, .gitattributesполезно будет прописать так же и переносы строк, а то получится так, что файлы в репе в одну строку
Открываете файл в нормальном редакторе, ctrl +a , ctrl + c. Сохранить в кодировке utf, увидите подобные коментарии как в примере, в следствии перекодировки. ctrl + v, сохранить. Проделать на всех файлах
Александр Панков, вот я вам самый простой пример и дал, поставьте на убунту в wsl например php зайдите в etc/php и сразу станет все понятно
Можете даже прям в образе посмотреть, думаю там так же
Анализируйте логи, посмотрите откуда берутся ресурсы, особенно js, перенесите проверенные на локальный сайт, уберите все cdn. Проверьте ваши формы на предмет xss