Спасибо, но пока ждал написал сам, вылаживаю ибо кому нибудь точно пригодится, он довольно простой и интуитивно понятный. Вызов — script.sh domain.com
#!/bin/sh
hostip="127.0.0.1"
domain="$1"
if [ "x"$domain = "x" ] ; then
  echo "usage $0 domain";
  exit 1;
fi
domainhost="/etc/apache2/sites-available/"$domain ;
if [ ! -f $uservhost ] ; then
        echo "- adding domain: $domain";
        mkdir -p /var/www/$domain
        echo "<VirtualHost $hostip:80>
        ServerName $domain
        ServerAlias www.$domain
        DocumentRoot /var/www/$domain
        CustomLog /var/log/apache2/$domain.access_log
</VirtualHost>" >> $domainvhost
a2ensite $domain
else
        echo "- $domain exists"
fi