Если собирали последнюю версию git, то ничего удивительного. Периодически у них что-нибудь отваливается. Связано это с тем, что большинство разработчиков ушли строить свой лунапарк с блэкджеком и шлюхами — Libav. FFmpeg же сливает их код и периодически подобным образом ломается.
Рекомендую переходить на avconv. Если нужен именно ffmpeg, то скомпилируйте более раннюю версию git. Рабочий способ установки описан, например, здесь
HOWTO: Install and use the latest FFmpeg and x264.