Андрей Ламзин

Все приватные данные выносятся в конфиг. Конфиг исключается из под контроля git. Пример конфига со звёздочками вместо данных кладется в репозиторий.

В качестве конфига может использоваться обычный *.java класс.

Если это JQuery - там attr а не setAttribute

date('Y-m-d H:i:s', 1611823382);

Нужен javascript.
Для вашего примера (например, выход выполняется по ссылке /logout)

if ( confirm('Вы хотите выйти?') ) {
    location.href = '/logout';
}

А по ссылке /logout лежит php скрипт, который и выполняет выход.

Если например должны меняться случайным образом при перезагрузке страницы
называете ваши видео файлы 0 1 2 3
определяете переменную
$n = rand(0, 3);

и в шаблоне потом

<video id="video" width="100%" height="auto" autoplay="autoplay" loop="loop" preload="auto" muted="muted">
    <source src="/video/<?=$n?>.mp4" ></source>
    <source src="/video/<?=$n?>.webm" type="video/webm"></source>
  </video>

Думаю, что только на вторичном.

Примерно так

window.addEventListener('scroll', (evt) => {
    if (window.scrollY > 30) {//Условно
       //тут анимацию сами придумаете
       $('#headId').css('opacity', 1);
   }
})

Тут всё зависит от того, как именно вы отправляете файл, как http raw post data или как multipart/form-data

В первом (нехорошем) случае данные вашего файла будут доступны вызовом

$data = file_get_contents('php://input');
//И вы его можете сохранить
file_put_contents('path/to/catalog/on/server/file.bin', $data);

Во втором случае вы при отправке даёте какое-то имя полю формы (например 'my_file'), в котором содержатся данные файла и получаете его ещё проще:

В php есть "суперглобальный" массив $_FILES;

$fileData =( $_FILES['my_file'] ?? null);
if (!$fileData) {
    echo 'No file!';
    exit;
}
$success = move_uploaded_file($fileData['tmp_name'], 'path/to/catalog/on/server/file.bin');
var_dump($success); // -> true or false

Отправлять как multipart/form-data для сервера предпочтительнее, так как в этом случае apache сам сохраняет файл во временную директорию и уже потом запускает интерпретатор PHP (это для сервера немного проще, чем сразу запустить php скрипт и "кормить" его вводом в несколько мегабайт а то и гигабайт ). Если при загрузке файла произойдёт ошибка, она будет доступна в $fileData['error'] (int)

Подробнее см. в https://www.php.net/manual/ru/reserved.variables.f...

Что касается Qt, тут далеко ходить за примером загрузки не надо
https://doc.qt.io/qt-5/qhttpmultipart.html