Платформа позволяет прорабатывать мастер страницы для личных сайтов, и так же делать веб части и пропагейтить на личные сайты, тому подобные вещи. Всё зависит от ваших знаний платформы, как в целом так и в разработке
Тогда думаю вам лучше посмотреть в сторону Addin's и Provider Hosted App, чтобы сделать тенантную разработку по быстрой аналитике и качественному апи для построения чартов, в этой модели вы сможете сделать отдельное веб приложение и использовать SQL, noSQL и через Provide Hosted App внедрить API и не надо будет делать какие-то кастомизации внутри платформы.
Вопросы только чем вам обычные списки и библиотеки не устраивают? Порталы это некое подобие CMS для бизнеса, где есть кастомизации, веб части, которые управляются списками, красивые стили и content management модель исходящая из требований, всякие enterprise wiki с красивыми лайоут к примеру для резиновой мастер страницы. Всё просто.
LizoCom: UserProfileService Full Sync необходимо сделать т.к. очень большая на него завязка везде. Workflow can use app permission активирована? Через Powershell ее переактивируй Disable/Enable-SPFeature + Проверь апдейты ServiceBus, WF4.5
