Найти место, где генерятся эти запросы не сложно - достаточно запустить Монитор производительности с записью sql-запросов.

Так найдется место где неоптимизированный запрос. На вкладке с запросами можно будет запустить анализ индексов.

Но судЯ по коду, вы собрали массив разделов и потом удаляете элементы с этими id.

Один из вариантов - выключить индексирование инфоблока модулем поиска

Как уже выше написали, у option лучше никогда не вешать событий, потому что селект можно стилизовать любым плагином и он перестанет работать. Поэтому отслеживать onchange у селекта