Mihail Lyamin

В фильтре указан невалидный ид пользователя
array("ID"=>$USER_ID)

Должен быть
array("ID"=>$arFields['ID'])

Помимо настроек компонента, нужно задать такие же настройки в параметрах инфоблока

Бросить исключение

$APPLICATION->ThrowException('<pre>' . print_r($arrVALUES, true) . '</pre>');

Ну или залогировать данные в файл\хранилище :)

Визуальный редактор поместился не полностью в попап. Разверните окно или редактор в полный экран, справа будет стрелка, по которой развернётся панель с компонентами

Найти место, где генерятся эти запросы не сложно - достаточно запустить Монитор производительности с записью sql-запросов.

Так найдется место где неоптимизированный запрос. На вкладке с запросами можно будет запустить анализ индексов.

Но судЯ по коду, вы собрали массив разделов и потом удаляете элементы с этими id.

Один из вариантов - выключить индексирование инфоблока модулем поиска