Прочитайте, пожалуйста, текст внимательнее — речь идет про освобождение ресурсов Compute Engine, а не App Engine!
Скорее всего (я могу только догадываться) около года назад вы пробовали использовать виртуальные машины Google Compute Engine - создали инстанс, поигрались с ним и, надеюсь, остановили. В любом случае созданные образы занимают дисковое пространство.
Если ваши приложения работают только в App Engine и вы не используете виртуальные машины - то бояться нечего, можете даже сами удалить старые инстансы.
