Boxxy

Да.

Мой вам совет - никогда не принимать всерьез гуглотренд, а уж тем более основываться на его данных при выборе своей профессии.
ASP.NET никуда не сходит и живее всех живых, просто ключевые слова стали более узконаправленными: MVC, WebAPI, SignalR и т.д. А в этом году открытие C# компилятора (Roslyn) и исходников ASP.NET стека еще больше подстегнёт спрос на технологию. К тому же огромным плюсом становится тот факт, что WebAPI и SignalR теперь могут спокойно работать вне IIS (благодаря OWIN), а MVC догонит их в следующем апдейте, вместе с vNext, который существенно упростит деплоймент компиляцией на лету и возможностью деплоить приложение вместе со всем фреймворком. А про удобство кодинга VS 2013, R#, Web Essentials, поддержку LESS, SCSS из коробки, Browser Link и еще тонной плюшек я вообще молчу.
В общем, лучше дважды подумайте, прежде чем принимать то или иное решение ;)

Проблема в коде

А после блокировки программных кликов - от мышки клики работают?
Если да - то нужно понять, чем отличаются события которые ты посылаешь в программу от событий которые генерить система. Я не особо разбираюсь в WinAPI но сдается мне, что где-то в событии должен быть идентификатор устройства. Есть еще вариант, что античит сравнивает пришетшие события с каким-нибудь GetMouseState - в котором реально ничего не меняется и по этим признакам определяет, что тут что-то не чисто (этим кстати можно объяснить и то что не всегда через одно и тоже количество кликов блокируется ввод и что перезапуск иногда помогает). Тогда надо поискать возможность как изменять и этот стэйт.