Для этого нужно соблюсти несколько пунктов:
1. NS доменного имени у регистратора нужно направить на Яндекс
2. У Яндекса в файле зоны нужно направить MX-запись на ваш почтовик
3. У Яндекса в файле зоны нужно направить А-запись на IP сервера хостинга, где расположен ваш сайт.
Настройте так и все должно получиться.
