Подключиться к серверу можно из консоли Linux командой:
ssh лог@ip -p порт
После ввода у вас попросит пароль.
Если у вас ОС Windows, то для подключения нужно скачать еще программку Putty. В ее конфигурации необходимо ввести аналогичные IP, Port, Login. После открытия туннеля у вас попросит пароль.
А далее вопрос техники. Юзаем команды(копируем контент, разворачиваем архивы, выставляем корректные права). Справочников команд в интернете очень много. Будет очень просто загуглить, если что-то забыли.