У maratl.exe всем занимается бэнкэнд, а JS общается только с программой maratl, которая, в свою очередь, дёргает купюрник. Если вы хотите из-под JS браузера управлять купюроприёмником (что не лучшая идея), вам надо реализовать API и вебсервер. В C# есть уже написанные модули под купюроприёмники Cashbox. Можете написать вебсервер на C#, который будет дёргать запросы к купюрнику, поданные на этот вебсервер.
Если будете это реализовывать, не забудьте, что купюроприёмник обладает ещё кучей callback'ов (купюра попала в первый шлюз; купюра потом попала в cashbox; etc).