У вас переброс на анкор идёт скриптами, можно попробовать вычесть из цели высоту шапки
var OnePageNav = function() {
$(".smoothscroll[href^='#'], #ftco-nav ul li a[href^='#']").on('click', function(e) {
e.preventDefault();
var hash = this.hash,
navToggler = $('.navbar-toggler');
$('html, body').animate({
scrollTop: $(hash).offset().top - $('#ftco-navbar').height()
}, 700, 'easeInOutExpo', function(){
window.location.hash = hash;
});
if ( navToggler.is(':visible') ) {
navToggler.click();
}
});
$('body').on('activate.bs.scrollspy', function () {
console.log('nice');
})
};
