Придётся всю систему менять. Либо переделывать отдачу трафика на "анализатор" (вы, я так понимаю, строите IPS?) через маршрутизацию, т. е. выносить на уровень L3. Либо подавать на анализатор копию трафика через SPAN, а анализатор должен отстреливать spoofed-пакетами TCP RST в сторону клиента, прикидываясь сервером если соединение признано подозрительным. Тогда клиент будет сразу закрывать соединение.
Но отвечая на прямым образом поставленный вопрос -- защитить коммутатор от отключения избыточного линка можно настроив, например, port-channel на этих линках (между коммутаторами). Однако очевидно, что это не ваша история, и вам этот вариант не поможет. Так что остаётся только менять систему.