Если не планируется покупка L3 коммутатора, то да, трафик между VLAN-ами пойдет через микротик.
Что бы минимизировать трафик между вланами, в отдельные вланы стоит выносить то, что не общается между собой.
Например СКУД и видеонаблюдение и телефония.
Телефония и пользователи иногда не общаются, но не во всех системах.
Соответственно, не стоит выносить терминалы и сервера в отдельный влан от пользователей.

Коллеги подсказывают правильно, но не для сети на 30-40 пользователей)
На 40 человек трехуровневый дизайн не нужен.
Или это только отдел продаж, а вся сеть на 1000-5000 человек?
Для сети до 100 человек - вполне норм плоский одноуровневый дизайн с софтовым шлюзом.
Для сети на 5000 - да, двух или трехуровневый дизайн, нормальное оборудование, никаких неуправляемых свичей, аппаратный, а не софтовый файрволл.

Но соглашусь с ky0 - Один коммутатор на 48 лучше чем 5 штук по 10 портов. Два коммутатора по 48 портов в стеке лучше, чем два коммутатора по 48 портов не в стеке.
И соглашусь с Родион Кудрявцев - при возможности управляемые железки с поддержкой агрегации портов лучше чем тупые мыльницы.

Остальное надо смотреть от бюджета и существующей СКС (она запросто окажется дороже чем активное оборудование)

Ну где-то в глубине души 40G - это Etherchannel 4x10G
Поэтому при установке кабеля-разветвителя на 4 по 10G просто этот etherchannel разбивается и работа идет с 4 отдельными портами.