1. Для начала советую запустить mysqltuner.pl и посмотреть что он расскажет
2. Включить slow_query_log в mysql и посмотреть там
3. Не забывать что выполнить минутный запрос за 0.0001 секунду можно сразу же после этого самого запроса. Банально работает кеш. Это я к тому, что если Вы конфиг писали «добавить нолик — работает быстрее», то возможно не подозреваете что выполняя подряд один и тот же запрос, получите совсем разные цифры. Второе выполнение будет почти мгновенным.
4. размер базы под 11Гб, 2% идет на апдейты, а сбрасываете ли вы индекс перед апдейтом? Если таблица большая, то такой апдейтик запросто может ее прогрузить до почек.
5. RAID тут вряд ли виновен, все же 600 запросов в секунду, из которых две трети служебные — это не такая уж и большая нагрузка.
Ну и если найдете узкие места в первых 5 пунктах, проверяйте запросы EXPLAIN'ом, оптимизируйте их.