Иван: Не совсем понял, что все таки нужно из города координаты или наоборот. Вот определение по координатам https://goo.gl/ZD9Y8l Получаете в ответ JSON, в address_components есть объект с types - locality, political.
shopid и sciid выдаются только после регистрации, т.е. да это обязательно. Если вы пишите моб. приложение, то все нужное есть в соответствующем sdk. Но так как стоит тег PHP, то тут все проще, пишете небольшую форму, а все остальное делает яндекс. Вам лишь нужно обработать запросы checkPayment и paymentAviso (если выбран http).
А что тут в прицепе может пойти не так? Разве что у вас старый PHP без поддержки короткой записи массивов, но и это просто решается заменой [...] на array(...). Вот пример sandbox.onlinephpfunctions.com/code/a8159d1af9c594...
Вы можете вынести код в начало метода, только Вам наверняка придется очищать данные. Из-за цветовой схемы я не вижу, тип ошибки/предупреждения. Если там Weak Warning, вы можете проигнорировать его (Alt+Enter -> Suppress ...), но не знаю как это повлияет на производительность.
Если у Вас VPS с полным доступом, то можете отредактировать файл в /etc/apache2/sites-available (второй способ как раз там и нужно использовать). Если нет, то смотрите в админке (не пользовался DirectAdmin, не знаю что к чему). И проверьте AllowOverride, возможно просто не разрешено использовать .htaccess.