система убунту 22.04 lts, шторм 2022.2.3 (корпоративная лицензия)
пробовал Repair IDE, и ставить все галочки и сбрасывать всё. Пробовал другие темы ставить.
Что примечательно, все остальные настройки сохраняются корректно, а "Semantic Highlighting" всегда самостоятельно назад включается.