ffmpeg -i video.mp4 -i audio.mp3 -filter_complex "[0:a]volume=0.2[a1];[1:a]volume=1[a2];[a1][a2]amerge=inputs=2[a]" -map 0:v -map [a] -c:v copy -c:a aac -b:a 128k output.mp4
Где [0:a]volume=0.2[a1] убавит громкость у видео до 20% от 100%
а [1:a]volume=1[a2] оставит 100% у добавленного аудио
Ещё конвертирует аудио в AAC c 128 битрейтом