Самый главный минус заключается в том, что с отключенным JS контент не увидеть никак.
Остальные проблемы, в общем-то, типичны для подобных решений (в частности - hashbang): отсутствие семантики, проблемы с расшариванием в соцсетях, проблемы с индексированием и так далее.
По сути, нужно решить две вещи: первая - при переходе по ссылке сразу отдавать нужный контент, без всяких аяксов. Вторая - строить нормальные урлы, без всяких левых хешей и прочих хаков. Для этого существует History API, которое, в принципе, уже неплохо поддерживается (
caniuse.com/history).