Anumik

codepen.io/Nyarlath0tep/pen/NRWqaE?editors=1010#an...
сам недавно программирую, получилось вот так

2 варианта
1 в строке ~64 заменил option.innerHTML на html: option.outerHTML, таким образов в конечный передается не только текст из , но и сам с учетом всех атрибутов

2 Ищем метод SelectParser.prototype.add_option и внутри него первый вызов this.parsed.push({. Добавляем в объект, который "пушится" в массив, новый элемент. Назовем его, к примеру,
link:
link: option.getAttribute('data-link'),
На данном участке кода option - это ссылка на DOM-элемент очередного из нашего исходного селекта.

Получается примерно такой код:

SelectParser.prototype.add_option = function(option, group_position, group_disabled) {
  if (option.nodeName.toUpperCase() === "OPTION") {
    if (option.text !== "") {
      if (group_position != null) {
        this.parsed[group_position].children += 1;
      }
      this.parsed.push({
        link: option.getAttribute('data-link'),
        array_index: this.parsed.length,
        options_index: this.options_index,
//...

Находим в файле строку (в моей версии это 264 строка)

option_el.setAttribute("data-option-array-index", option.array_index);

На этом участке кода создается конечный пункт списка . А наше значение из data-link у нас готово к использованию в переменной option.link.

Рядом с найденной добавляем строку

option_el.setAttribute("data-link", option.link);

1 решение моё, 2 подсказал Иван Пшеницын на ru.stackoverflow.com

Нужно было добавить кластер

<script type="text/javascript">
ymaps.ready(init);
    var myMap;
    var clusterer;
    var clustererF;

    var balunIcon = {
            iconLayout: 'default#image',
            iconImageHref: '<?=SITE_TEMPLATE_PATH?>/img/map-target.png',
            iconImageSize: [26, 36],
            iconImageOffset: [-13, -18]};
function init(){
   	
   	myMap = new ymaps.Map('map', {
            center: [48.479862298148, 135.07525863163],
            zoom: 9
        });
        clusterer = new ymaps.Clusterer({
            preset: 'islands#invertedRedClusterIcons',
        });

        <?foreach($arResult["ITEMS"] as $arItem):?>//цикл на добавление точек
            <?
                $arMark = explode(",",$arItem["PROPERTIES"]["POINT"]["VALUE"]);
                $centerMap[0] += $arMark[0];
                $centerMap[1] += $arMark[1];
                $countMark++; //получаем координаты
            ?>
        myPlacemark = new ymaps.Placemark([<?=$arMark[0]?>, <?=$arMark[1]?>], {}, balunIcon);
        	<?
				$thisMark = $arMark;
			?>
			clusterer.add(myPlacemark);
        <?endforeach;?>
       
myMap.geoObjects.add(clusterer);
}
</script>

В итоге заработало и корректно выводит массив точек