Собирать из исходников нужно в очень редких случаях, на столько редких, что знать как это делается вообще не нужно. Так что можно смело отмести этот навык.
Надо:
Знать где какие логи есть и уметь их читать, решать ошибки.
Всякие банальные вещи, типа запуск/перезапуск демона, убить процесс, уметь читать баш-скрипты и чуть-чуть писать (на уровне что-то подправить и чтобы не поломать всё к чертям)
Для бекендера надо уметь устанавливать и настраивать тот софт с которым работаешь: nginx, apache, mysql, postgres, redis, mongodb и так далее.
Vim можно вообще не знать, в *nix обычно есть редактор проще, типа nano, joe или вообще mcedit.
Самое главное - научиться выходить из vim прежде чем испортишь файл ;-)
Если работаешь с языком, у которого есть свой пакетный менеджер (npm, yarn, pip) нужно уметь установить его и разруливать ошибки при установке через эти пакетные менеджеры.
Например для python-pip требуются установленные компилятор и заголовочные файлы питона. Имею ввиду, что такие тонкости надо знать.
ssh само собой надо уметь настраивать, генерация ключей, настройка авторизации по ключу, копирование файлов scp.
git настраивать bare-репозитории чтобы заливать на сервер и там же разворачивать, при работе без сторонних сервисов типа github, bitbucket.
