Кажется, нашла проблему. Суть в том, что в битриксе создается экземпляр класса YandexCheckout, но там не предусмотрено удаление платежной формы из контейнера, если пользователь решил что-то поменять или создать новый заказ.
Из документации - checkout.destroy(); В Битриксе экземпляр создается без него.
https://yookassa.ru/developers/payment-forms/widget