Andrey_Dolg

Просто удаляем markup данного сообщения и всё.

# Edit only the reply markup of messages sent by the bot.
bot.edit_message_reply_markup(call.message.chat.id, call.message.message_id)

И много прокси есть у бота или это шаринг основных доступных листов и сервисов?

Если к хероку идёт бд используйте её. Я чёт не совсем уверен в "там нет поддержки файлов и они удаляются через время." тогда бы и ваши скрипты через время удалялись. Хотя возможно что вы пишете файл во временной директории исполнения скрипта и после окончания файл исчезает(скорее остаётся но вы не знаете пути к нему). Разберитесь где лежит ваш первичный скрипт и пишите в ту же директорию. Если совсем никак используйте google spredsheet для хранения данных. Но честно, я думаю, вы что-то не так делаете.
UPD
Алгоритм прост заходим в документацию и разбираемся как подключить базу, вроде бесплатно 10к записей.