В PS нужно в ручную или с помощью плагинов делать маску.
В GIMP, насколько я знаю, есть нужная Вам функция — сделать прозрачным заданный цвет, учитывая примеси.
Неясно как оно работало до 17 февраля. На сколько я знаю Dropbox никогда не отслеживал изменения файлов в папке по ссылке.
Я делаю наоборот — файлы кладу в Dropbox, а из Dropbox папки делаю Junction туда, куда мне нужно.