Странное решение вы выбрали. Не лучше ли создать поле в image_region с порядковым номером?

UPD
->orderBy('image_region.id', 'asc')
что бы получилось

select `images`.*, `image_region`.`region_id` as `pivot_region_id`, `image_region`.`image_id` as `pivot_image_id` from `images` inner join `image_region` on `images`.`id` = `image_region`.`image_id` where `image_region`.`region_id` = 1 order by `image_region`.`id` ASC

$('div.box').each(function(i,elem) {
  $(elem).text(i+1);
});

Гуглится очень хорошо