Onpay.ru - не очень качественная документация, периодические проблемы с оплатой у клиентов.
Запутанная система с выводом средств. Впечатление осталось не очень от сервиса. Средненькие цены.
Яндекс.Касса - хорошая документация, "долгая" техподдержка, по самим платежам от клиентов претензий практически не было. Личный кабинет активно развивают, добавляют новые функции. Средства выводятся на Р/С на следующий день после совершения платежа. Высокие цены, но удобство пользования пока окупает все недостатки.
Вообще советую вам для начала почитать про 54-ФЗ, т.к. с пробитием чеков сейчас тухляк. У той же Я.К. есть 2 решения - 3к в месяц или 28к касса и 1к в месяц (без учета % за транзакции) - как то дорого для магазинчика с небольшим оборотом.
JSON будет удобен во многих случаях, самое простое - если полученные данные необходимо заполнить в поля формы. Конечно можно её сформировать и на сервере, но если форма сложная, серверный скрипт получится довольно сложным.