Мне кажется для начала Вам нужно почитать про ООП в целом, и далее про MVC чтобы вы могли оперировать корректной терминологией
Сейчас все очень сумбурно изложено
Вы путаете понятия фреймворка и CMS
1. Да, это лишь каркас, все нужно будет писать с нуля
В yii есть gii — это генератор кода, он упростит много рутинных вещей
2. Здесь Вы говорите о моделях и наследовании
3. Yii очень гибкий
4. Кто-то делает это просто для обучения. Нехватка опыта работы с такими инструментами заставляет думать Вас думать об этом как о чем-то невероятным, все на самом деле проще
Ну и далее посмотрите
www.phptherightway.com/