Чтобы получить ссылку на документ фрейма есть 2 специальных свойства фреймов: contentDocument (W3C DOM) и contentWindow (IE DOM), и если нужна совместимость этих моделей, то можно написать простую функцию получения непосредственно документа фрейма:
function getFrameDocument (frame) {
return frame && (frame.contentDocument || frame.contentWindow || null);
}
Соответственно чтобы обратиться к текстовому полю во фрейму, делаем так:
var frame = document.getElementById('myFrameId');
var frameDocument = getFrameDocument(frame);
frameDocument.getElementById('inputId').value = 'my value from prompt';