а чем вам база данных не угодила?
1) скорость
2) компактность
3) лёгкость в использовании
4) данные не хранятся в файлах
5) обеспечение целостности данных
и т.д
если вы планируете раскручивать бота в дальнейшем, то json просто не справится с большим объёмом информации - я советую вам всё-таки переосмыслить своё решение.
если же насчёт вашей проблемы, убедитесь для начала, что на хероку включено автоматическое обновление файлов:

так-то я вообще не совсем уверен, что файл сможет обновляться