Да, лучше разделить, так проще поддерживать и не нужно будет таскать огромные файлы. Для этого нужно вынести из index.css все стили шапки, футера и других самостоятельных компонентов в отдельные файлы: footer.css, header.css и т.д. Эти файлы импортировать в каждый css файл с помощью "@import" в стилевые файлы для каждой страницы: hone.css, item.css и так далее