Я возможно покажу полную неосведомленность в вопросе, но почему не применим следующий метод:
Все файлы которые предполагается подключать, которые несут в себе какие то действия связанные с правами доступа и так далее сохраняем с различными расширениями типа inc, class.php, tpl.php и так далее.
А потом просто парой строк в .htaccess запрещаем к ним доступ.
<FilesMatch "\.(inc|tpl(\.php)|class(\.php))">
Order allow,deny
</FilesMatch>
До файла index.php который будет является фронтенд-контроллером разрешаем доступ. А собственно сам файл index.php в себе подключает уже всё что необходимо.