Можно делать отдельный репозиторий на каждый сайт в вашем портфолио (это иногда удобнее, чем поддиректории) и в каждом таком репозитории создавать ветку gh-pages. Соответственно содержимое будет автоматически расположено по адресу
nickname.github.io/repo_name. Собственно про это написано и на
https://pages.github.com/ 
