Что такое репозиторий. Если коротко, то:
- Папка с файлами
- Плюс история изменений этих файлов
- Плюс ветки (варианты) этих файлов.
Таким образом:
- Если проекты независимы - лучше всего разложить их в разные репозитории
- Если проекты зависимы, например, имеют какие-то общие библиотеки - лучше всего сложить их в один репозиторий, в разные папки (и, положим, в папку common общую часть)
- Если проекты, суть, один проект, но с несколькими вариантами (например: поддержка нескольких разных БД для хранения данных) - то имеет смысл использовать ветки. Суть веток в том, что в конце-концов они должны либо влиться в главную ветку, либо отмереть. То есть ветки - это инструмент для разработки, но не для хранения проектов.
Так что в вашем случае, я полагаю, применение веток для ваших целей не имеет особого смысла. Используйте либо разные репозитории, либо папки.