Даже если вы докажете, что код в какой-то момент совпадет с тем что в гитхабе, то вам ничего не мешает в любой момент изменить его.
Поэтому, если некий человек желает быть уверен, что на сервере выполняется именно данный код, то единственный для этого способ - запускать его на своем, полностью подконтрольном сервере.
