Андрей Павленко

Используя:

$fh = fopen('file.log', 'r');

while(!feof($fh)) {
$string = fgets($fh); //получаем одну строчку с файла
}

Так вы будете читать файл построчно, оперативную память это почти будет не занимать, если вы, конечно же, не будете весь файл хранить в памяти, а только работать с ним построчно.
Ну и не лишним напомнить о возможной необходимости блокировки файла на всякий случай и т.д.

<?php
$x = [
    'А' => '1',
    'B' => '2',
    'C' => '3',
    'D' => '4'
];
$y['A'] = array_shift($x);
$y['B'] = implode('#', $x);
?>

Для более конкретного ответа конкретизируйте, что вы там конкретно изменяете.
Ну и мой метод изменяет массив x, если нужен неизменный - код желательно немного переделать

Вы полностью правы. Это - сумашествие.
Это нечитаемо, умышленно запутанно. Писать код нужно в первую очередь для других людей, которые будут код сопровождать. А компьютеру одним пробелом больше/меньше - без разницы.
Для того, чтобы в конец не сойти с ума - предлагаю вам изучить автоформатирование код в некоторых IDE. Сделал клик - и файл отформатировался под нужные вам стандарты.
Очень помогает от таких лабиринтов.
Хотя конкретно эти коды не спасет особо, тут вопрос чисто в запутанной логике коде.

Используйте готовые решения, посмотрите Slim, или разберитесь с Symfony. Сэкономьте свое время, не городите лишние велосипеды.
А вообще - просто делайте проверку на существование метода:
php.net/manual/ru/function.method-exists.php
То есть, если метода в искомом классе не существует - перебрасывайте на специальный метод.
Ну и такую же проверку делайте для самого класса.

То есть, добавить как минимум

if (class_exists($controllerName)) {
    $controllerObject = new $controllerName;
    if (method_exists($controllerObject, $actionName)) {
         $result = call_user_func_array(array($controllerObject, $actionName), $parameters);
    } else {
       //load 404 method
    }
} else {
//load 404
}

По сути, я видел 90-килобайтные файлы мешанины PHP, HTML, MySQL-запросов и прочего.
Писать такой код просто.
Проблемы начнутся через полгода, когда вы этот код забудете и нужно будет что-то изменить. Вам придется проверять весь код и пересматривать его, чтобы не зацепить изменением в одном месте кода другое, совсем неожиданное.
После того, как новички несколько раз сталкиваются с такой проблемой, они начинают писать код более структурировано. Один с методов - это отделить получение информации от пользователя и базы данных с помощью одного кода, отображать эту информацию конечному пользователю с помощью другого, и решать, какую информацию показать и связать два предыдущих компонента между собой - с помощью третьего набора кода.
Грубо говоря, так и получается структура MVC, в которой html и php код разделен.
Это если условно, так как сколько людей - столько и пониманий MVC.

Ко всему выше сказанному хочу дополнить только одно: нужно уметь самому искать нужную информацию. Поверьте, и на этом сайте, и в интернете масса ответов и статей на тему, что нужно знать джуниору PHP. Перед тем, как самому писать, нужно не поленится и погуглить, поискать решение самому. Это будет ваш наиболее ценный навык - умение решать поставленную проблему/задачу самостоятельно.
По дополнительному: вы не обязаны знать тонкости, но не помешает знать Apache и nGinx, хотя бы принцип работы и почему так, а не иначе - это важно для избежания багов. Не помешает знать, что такое PHP-FCGI, хотя не обязательно; обязательно - Composer; ну и почитайте книгу Мэтта Зандстры. Ну и Symfony, как уже выше советовали - тоже не помешает.

Еще есть вариант с плагином Pjax, хотя он имеет недостатки и привязку к JQuery.
https://github.com/defunkt/jquery-pjax