Я не знаю Unity3d и не представляю, как это всё работает, но PHP понимает данные в формате JSON. Самое, думаю, нормальное. Но это если сервер будет обращаться к Unity3d
Можно параметры через GET/POST отправлять серверу.
А если всё работает на одном компе, то можно PHP запустить через CLI…консоль, и передать туда массив сериализованный, или тот же JSON в base64, но эт уж, наверное, слишком)